Având în vedere rolul aparte jucat de instituţia Bisericii, mai ales la începuturile culturii medievale româneşti, atunci când, prin intermediul legăturilor ecleziastice s-au stabilit cel mai adesea anume raporturi şi influenţe politice şi spirituale, se impune de la început cercetarea situaţiei ecleziastice a Moldovei, a conjuncturii începuturilor organizării ecleziastice ortodoxe într-o lume aparţinând geografic, politic şi cultural Răsăritului european bizantin.
Cercetările istorice şi arheologice efectuate în ultimele decenii dovedesc din plin existenţa unei vieţi bisericeşti la răsărit de Carpaţi în veacurile XIII -XIV, într-o formă aparte, dar în nici un caz nu avea acel aspect primitiv de care vorbea istoricul Paul Henry, cel care considera că abia călugării lui Nicodim au adus în Moldova prima organizare a vieţii religioase; fireşte admitem existenţa unei rodnice colaborări în organizarea vieţii bisericeşti, la întemeierea unor ctitorii, dar în nici un caz primordial.
În Moldova sfârşitului de veac XIV tendinţele isihaste nu vor fi lipsit în comportarea şi în modul de viaţă al monahilor autohtoni din schituri şi mănăstiri, monahi care vor fi intrat în contact direct cu gândirea palamită prin intermediul unor opere teologice, ale unor lucrări ce aparţineau literaturii hagiografice din Sfântul Munte Athos, ori din centrele monahale de la Paroreea, Chacidicia sau Kilifarevo.
Asemenea înjghebări, trădând o viaţă retrasă, departe de tumultul evenimentelor, a unor anahoreţi ce preferau traiul solitar, idioritmic în condiţiile care le puteau oferi bisericuţele şi chiliile săpate în stâncă, ori sculptate în lemn, în păduri şi locuri retrase, căutate cu predilecţie de călugări în prima vârstă a Evului Mediu sunt dovedite de mărturiile arheologice ca existând în deceniul al VIII-lea al secolului al XIV-lea în partea de nord a Ţării Moldovei.
Potrivit tradiţiei istorice, consemnate şi de părintele academician S. Fl. Marian şi preluate de arhitectul K.A. Romstorfer, în părţile Sucevei, pe malul unui pârâu, Dragoş Vodă ar fi înălţat o biserică de lemn, deci în vremea Descălecatului, iar mai târziu următorii domnitori ar fi făcut pentru călugării ce se nevoiau în acea bisericuţă de lemn una de piatră.
Potrivit tradiţiei bizantine, prin menirea sa, schitul – mănăstirea ce funcţiona avea întocmită o viaţă aparte în interiorul ei, încât să fie un loc de aleasă şi desăvârşită viaţă duhovnicească, de înalte virtuţi creştineşti şi pildă de viaţă creştinească atât pentru convieţuitorii săi cât şi pentru locuitorii din zonă.
Devenită centru al vieţii economice şi politice al întregii Moldove în timpul domniei lui Petru I Muşatinul, care mută capitala Moldovei de la Siret la Suceava, din raţiuni diplomatice şi atestată documentar pentru prima dată la 11 februarie 1388, Suceava trebuia să devină şi centrul vieţii religioase al Ţării Moldovei. Ceea ce explica de ce domnitorul Petru I în programul său de cârmuire al ţării înscrie alegerea şi instalarea lui Josif I ca mitropolit în Suceava, care va fi recunoscut de către Patriarhia de Constantinopol abia în 1402.
Se impunea construirea unei biserici mai mari, a unei reşedinţe mitropolitane alături de Cetatea de Scaun a Sucevei, ceea ce de fapt Petru I avea să realizeze în anii 80 ai secolului al XIV-lea, zidind biserica Mirăuţi cu hramul Sfântul Gheorghe pe locul unde funcţiona deja schitul – mănăstirea Sf. Gheorghe.
Vedem aşadar, ca şi în cazul Ţării Româneşti, naşterea statului moldovean este strâns legată de înfiinţarea unei mitropolii ortodoxe, chiar dacă de data aceasta domnitorul şi boierii au avut de înfruntat mai multe oprelişti înainte de a obţine recunoaşterea Mitropoliei din partea Patriarhiei din Constantinopol. Strădaniile lor au fost încununate printr-o victorie de mare însemnătate pentru afirmarea identităţii tânărului stat în 26 iulie 1401 când Patriarhia din Constantinopol recunoştea pe Josif I ca mitropolit al Ţării Moldovei având reşedinţa în Suceava.
Faptul că biserica Mirăuţi a fost zidită de Petru I Muşatinul o dovedesc în primul rând asemănările tehnice ale zidăriei şi prezenţa unor cărămizi smălţuite, la fel cu cele întâlnite la Cetatea de Scaun – deci zidirea bisericii a fost contemporană cu zidirea cetăţii.
Josif I, fost episcop de Cetatea Albă, slujind la căpătâiul moaştelor Sfântului Ioan cel Nou în Biserica Sfântul Ioan Botezătorul, recunoscut ca mitropolit al Ţării Moldovei, înţelegea să vină la Suceava, în reşedinţa mitropolitană, însoţit de moaştele sfântului martir.
Aducerea moaştelor Sfântului Ioan cel Nou în 1402 la Suceava şi aşezarea lor în Biserica Sf. Gheorghe-Mirăuţi, nu era altceva decât o întărire a recunoaşterii că Moldova era o ţară ortodoxă, că avea o mitropolie recent recunoscută de Patriarhia din Constantinopol, instituindu-se în chip de patron al scaunului mitropolitan al Ţării Moldovei un sfânt ortodox, martirizat în urma unor intrigi.
Aducerea moaştelor Sf. Ioan cel Nou de la Cetatea Albă la Suceava, în anii de început ai domniei lui Alexandru cel Bun în Suceava care devenise deja un puternic centru politic administrativ şi religios al Moldovei, reprezintă cea mai veritabilă declaraţie de independenţă, o capodoperă a diplomaţiei şi artei politice şi ecleziastice, în faţa Poloniei catolice, care încerca să-şi exercite influenţa asupra Moldovei ortodoxe. Şi apoi, trebuie să recunoaştem că aducerea moaştelor Sf. Ioan cel Nou la Suceava odată cu întronizarea lui Josif I ca mitropolit al Moldovei făcea să crească şi mai mult prestigiul autorităţii bisericeşti.
Putem socoti că, la fel cum la Mănăstirea Argeşului, devenită între timp reşedinţa Mitropoliei Ţării Româneşti, prezenţa moaştelor Sf. Filofteia aduse din Vidin în 1396 determinase un întreg cult, cu urme adânci în folclorul muntenesc, aducerea moaştelor Sf. Ioan cel Nou şi aşezarea lor în mănăstirea Mirăuţi devenită între timp reşedinţa Mitropoliei Moldovei, în perioada imediat următoare după recunoaşterea lui Josif I ca mitropolit al ţării, constituie o simetrie deosebit de interesantă pentru istoria începuturilor mitropoliilor din Ţara Românească şi Moldova.
Vicina şi Cetatea Albă, pe de o parte, Argeş şi Suceava, pe de altă parte, au fost centre de intensă viaţă culturală, cu numeroasele ei elemente bizantine în arhitectură, în artele somptuoase, în limbă şi instituţii. Acestea erau unite într-un proces istoric pe care nici un alt capitol al culturii noastre vechi nu îl luminează atât de bine ca începuturile organizării, pe temeiuri proprii, a instituţiei medievale de prim rang care era Biserica Ortodoxă.
După urcarea pe tronul Moldovei a lui Ştefan cel Mare, acesta a avut grijă de biserica Mirăuţi – catedrala mitropolitană a Ţării Moldovei, întărindu-o cu danii domneşti – mori, heleştee, etc – ştiut fiind faptul că în această catedrală avea să fie înmormântată prima soţie a domnitorului – Evdochia de Kiev.
La începutul secolului al XVI -lea, reşedinţa mitropolitană a Ţării Moldovei a suferit puternice stricăciuni în urma războaielor cu polonii duse de Bogdan al III -lea fiul lui Ştefan cel Mare, motiv pentru care hotărăşte în 1514 să construiască o nouă biserică în Suceava, biserică ce va fi terminată de fiul său Ştefăniţă Vodă în 1522, biserică ce va păstra acelaşi hram, Sf. Gheorghe şi unde în 1589 Petru Şchiopul avea să aducă moaştele Sf. Ioan cel Nou din vechea catedrală mitropolitană a ţării.
Biserica Sf. Gheorghe – Mirăuţi nu a fost ruinată cu desăvârşire, întrucât să nu se poată liturghisi, după cum afirma părintele S. Fl. Marian, ci aici s-a continuat viaţa mănăstirească. În 1775 în Protocolul întocmit în acel an, în Suceava între cele 21 de biserici amintite, la loc de cinste se afla Mitropolia veche a Sf. Gheorghe şi Mitropolia nouă a Sf. Gheorghe.
La sfârşitul secolului al XVIII -lea vechea reşedinţă mitropolitană este părăsită ca urmare a atitudinii autorităţilor habsburgice, devenind din 1825 magazie pentru o unitate militară încartiruită în zonă, iar mai târziu depozit de piele.
În 1880, Eudoxiu Hurmuzachi, devenit prefect al judeţului Suceava, la sfatul mitropolitului Silvestru Morariu Andrievici, iniţiază restaurarea bisericii Sf. Gheorghe Mirăuţi – vechea catedrală mitropolitană a Moldovei cu ajutor material din partea Fondului Bisericesc. Lucrările de restaurare au fost coordonate de arhitectul K.A. Romstorfer, sub patronajul mitropolitului Vladimir de Repta.
În 12 decembrie 1924, Consistoriul arhiepiscopal al Mitropoliei Bucovinei, prin adresa 9434 făcea cunoscut egumeniei Mănăstirii Sf. Ioan cel Nou următoarele Biserica Mirăuţilor este destinată pentru cercetarea elevilor liceului. Supravegherea bisericii se lasă în seama arhimandritului Mănăstirii Sf. Ioan cel Nou (Arhim. Inochentie Ştefaneli, n.n.)cu îndatorirea îngrijirii cu cele pentru serviciul religios.
Din 1957, în vremea mitropolitului Justin Moisescu, biserica este resfinţită ca biserică parohială numind ca paroh pe pr. Gheorghe Coclici, devenid astfel primul paroh al vechii reşedinţe mitropolitane.