În ședința Permanenței Consiliului Eparhial al Arhiepiscopiei Sucevei și Rădăuților de miercuri, 7 martie, a fost decisă reînființarea a încă unei mănăstiri închise după ocuparea Bucovinei de Imperiul Habsburgic. Este vorba despre mănăstirea Sfântul Ilie, ctitorită de Sfântul Voievod Ștefan cel Mare în 1488.
Deși biserica a fost zidită în 1488, în doar câteva luni – între 1 mai și 15 octombrie –, cercetătorii consideră că începuturile mănăstirii sunt cu jumătate de secol mai vechi, fiind întemeiată în vremea de lui Iliaș Vodă (1432–1433, 1435–1442), fiu și succesor la domnia Moldovei al lui Alexandru cel Bun.
Astfel, istoricul Petre Năsturel identifică Sfântul Ilie ca mănăstirea la care se referă o notiță în limba slavonă, anterioară anului 1443, dintr-o gramatică greacă păstrată la Biblioteca Universității din Basel, Elveția. În text, este menționat monahul Macarie din Mănăstirea Sfântului Proroc Ilie Tesviteanul din Suceava. De asemenea, arheologul Paraschiva-Victoria Batariuc a arătat că aici a existat o construcție de lemn pe temelie de piatră care a fost distrusă, posibil de către un incendiu.
În anul 1487, Sfântul Voievod Ștefan cel Mare a început o campanie de construcții de biserici și mănăstiri, numită de istoricii Ștefan S. Gorovei și Maria Magdalena Székely „marea rugăciune”, pentru că din acel an și până la trecerea la cele veșnice a domnului, în fiecare an se lucrează cel puțin la ridicarea unui locaș sfânt. Șirul ctitoriilor a început cu biserica de la Bădeuți, în prezent Milișăuți, care a fost distrusă în Primul Război Mondial, și cu Mănăstirea Pătrăuți – închisă de Imperiul Habsburgic și reînființată în anul 2021.
În anul următor, 1488, a continuat cu Mănăstirea Sfântul Ilie, începută în 1 mai, și Mănăstirea Voroneț, începută în 26 mai.
Deasupra ușii de intrare în pronaos, biserica ștefaniană are următoarea pisanie: „Io Ștefan Voievod, fiul lui Bogdan Voievod, domn al Țării Moldovenești, am zidit acest hram în numele Sfântului Proroc Ilie; și s-a început în anul 6996 <1488>, luna mai 1; și s-a sfârșit în același an, octombrie 15”.
Tabloul votiv, aflat în naos, este format din două scene. Pe peretele de vest, este înfățișat Sfântul Ștefan cel Mare, ținând biserica în mâna stângă, și Sfântul Proroc Ilie care mijlocește și îl conduce către Mântuitorul Iisus Hristos aflat pe tron. În scena de pe peretele sudic apar fiii săi, viitorii domni Bogdan al III-lea și Ștefăniță Vodă, și doamna Maria Voichița.
În pronaos se află sinaxarul sfinților și scene din viața Sfântului Proroc Ilie. Pictura exterioară a fost realizată probabil în vremea lui Petru Rareș. Pe peretele sudic a fost pictată Scara Sfântului Ioan Scărarul.
După epoca ștefaniană, un al doilea sfânt care a avut o contribuție importantă în istoria mănăstirii Sfântul Ilie a fost Sfântul Mitropolit Varlaam al Moldovei (1623–1653). Acesta a reparat biserica și a refăcut pictura, punându-se culoare peste cea originală, deteriorată. Sfântul Varlaam a fost, la rândul său, pictat în calitate de ctitor al acestor lucrări, în exterior.
Din veacul al XVII-lea, se păstrează în Biblioteca Universității din Cluj mai multe Minee, scrise de mână și împodobite cu decorații artistice, care au aparținut mănăstirii. Un Liturghier manuscris, realizat aici, care se păstra la Facultatea de Teologie de la Cernăuți, a fost pierdut sau distrus în Primul Război Mondial.
Biserica a fost afectată de campania împotriva Moldovei a regelui polon Ioan III Sobieski din 1686, pentru câțiva ani călugării risipindu-se.
În 1708, au fost aduse de la Moscova icoanele împărătești, pictate de un iconar celebru al epocii, Chiril Ulanov. Pe icoanele din pronaos se păstrează o însemnare despre aducerea moaștelor Sfântului Ioan cel Nou, în 1783, după ce fuseseră înstrăinate vreme de 96 de ani în Polonia.
Din această perioadă se păstrează un exemplar din lucrarea Divanul sau gâlceava înțeleptului cu lumea, realizată de Dimitrie Cantemir din 1698. Acesta a fost cumpărat de călugării mănăstirii și pe filele lui au fost făcute diferite însemnări de-a lungul timpului despre evenimente considerate demne de notat pentru a fi cunoscute de urmași.
Între egumenii veacului al XVIII-lea se numără Isaia Nacu (1702), care a avut o rudă vornic la Câmpulung, și Gheorghe Abăza (1715–1721), dintr-o importantă familie boierească a vremii, ai cărei membri au devenit și ctitori ai mănăstirii.
În acest veac a avut loc o nouă refacere a mănăstirii, prilej cu care s-a realizat un pomelnic ctitoricesc, în care, în rândul ierarhilor, sunt menționați Sfântul Varlaam, Episcopul Daniil, de metanie din mănăstirea Solca, Sfântul Mitropolit Iacov Putneanul, Mitropoliții Sava și Gheorghe ai Moldovei și Episcopii Calistru și Dositei Herescu de Rădăuți – cu toții vrednici ierarhi implicați în ctitoriri și rectitoriri în Moldova și în special în zona Sucevei.
În 1775, Bucovina a fost ocupată de către Imperiul Habsburgic, iar majoritatea mănăstirilor și schiturilor au fost desființate, rămânând deschise doar Putna, Sucevița și Dragomirna. La 29 aprilie 1785, Mănăstirea Sfântul Ilie a fost desființată. Biserica mănăstirii a devenit biserică parohială. Chiliile călugărești au fost demolate.
La sfârșitul secolului al XIX-lea s-au desfășurat o serie de lucrări de restaurare conduse de către arhitectul Karl Romstorfer.
La mănăstire se află mai multe pietre funerare din secolele XVII–XVIII, care au fost insuficient cercetate și din cauza faptului că sunt deteriorate.
Printre odoarele care s-au păstrat la mănăstire, după atâția ani de la desființarea ei, se numără un pocrovăț de la voivodul Bogdan al III-lea (1507), cu inscripția în slavonă: „Io Bogdan Voievod, cu mila lui Dumnezeu Domn al Țării Moldovenești, fiul lui Ștefan Voievod, a făcut acest pocrovăț și l-a dat rugii sale Mănăstirea Sf. Ilie în anul 7015, luna august, în 3 zile”, un scaun domnesc cu stema Moldovei și două sfeșnice de lemn, care provin probabil de la Petru Rareș.
De-a lungul vremii, în jurul mănăstirii a luat ființă satul Sfântu Ilie, astăzi parte a comunei Șcheia. În 1997–1999, aici au avut loc cercetări arheologice. În 2019–2022 s‑a desfășurat un proiect european de restaurare, consolidare, protecție și conservare.
Decizia de reînființare a mănăstirii Sfântul Ilie va fi supusă aprobării Sinodului Mitropolitan al Mitropoliei Moldovei și Bucovinei. Reluarea vieții monahale în mănăstirile istorice închise în perioada austriacă a fost o prioritate anunțată de către Înaltpreasfințitul Părinte Calinic de la alegerea sa ca Arhiepiscop al Sucevei și Rădăuților.